中国の書物によると、1世紀ごろ、ほぼ現在のカンボジアの位置に扶南（フナン）という王国があった。3世紀までは未開の地であったが、インドと中国の中間地点にある水路の要衝に位置していたため外国文化が流入し、商業国家として繁栄した。稲作が発達していた。
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6世紀には、カンボジア国家の起源とみなされている国、すなわち中国史料にいう北方クメール人による真臘（しんろう、チェンラ）が勃興した。この国は扶南の属国であったが、7世紀には扶南を滅ぼし、ジャヤーヴァルマン1世(657年 - 681年)の治世の頃に最大となった。インド文化の影響を受けサンスクリット文字を使用したが、クメール文字も使われ始めた。真臘は、現在のカンボジアとラオス南部、つまりメコン川流域を領土としていたと推測されている。
しかし、ジャヤーヴァルマン1世の死後、古代カンボジアは、中国の記録に見える北の陸真臘と南の水真臘に分裂し弱体化し、8世紀にはジャワ王国のシャイレンドラ朝支配下に入った。
中世
クメール王朝ジャワ王国からの独立は、ジャヤーヴァルマン2世(802年 - 854年)により行われた。ジャヤーヴァルマン2世はプノン・クレンで即位を行い、ジャワからの解放を宣言した。これがアンコール王朝（クメール王朝）の始まりである。9世紀の末、ヤショーヴァルマン1世がアンコールに都を築いた。
1113年、スールヤヴァルマン2世が即位し、国内を統一、チャンパ王国や李朝へ攻め入った。王国の範囲は、タイ中部、マレー半島、ベトナム南部に及び、また、彼は寺院建築にも熱心で、クメール美術の最高傑作であり、自身の墓でもあるアンコール・ワットを始め、トマノン、バンテアイ・サムレなどのヒンドゥー教寺院を建築した。
スールヤヴァルマン2世死後、王位を巡り争いが続いた。さらに1177年には、チャンパの大軍が都であったヤショーダラプラを破壊した。
タ・プローム1181年、チャンパに遠征していたジャヤーヴァルマン7世が帰国し、即位した。彼は粘り強く国づくりを進め、1190年には宿敵チャンパを降伏させた。また、アンコール・トムを都として造成した。熱心な大乗仏教の信者であった王は、都の中心にバイヨンを建設し、バンテアイ・クデイ、タ・プローム、プリヤ・カーンなどの仏教寺院を建設した。
また、ジャヤーヴァルマン7世は、国内に102箇所の病院と主要街道に宿場を建設し、庶民の生活も重視した。しかし、大規模な寺院建設と領土獲得の遠征のため、死後は国力が衰退していったと考えられている。
13世紀にはいると元の侵攻が始まり、後半からは、アユタヤ王朝の侵攻が始まった。当時のポニャーヤット王は、1431年にシャム（現在のタイ）に近いアンコールを放棄し、翌年シャム族が首都を占領し、アンコールの栄光の時代は終わりを告げた。その後、首都は転々とし、現在のプノンペンのあるチャドモックに遷都した。
近世
17世紀から18世紀は、隣のシャムやベトナムの侵略や干渉がつづき、国内は混乱した。1845年に即位したアン・ドゥオン王は、ひそかにシンガポールのフランス領事を通じてナポレオン3世に援助を要請したが、事前にシャムに情報が漏れ、失敗に終わった。
近代（植民地時代）
フランス領インドシナ19世紀中頃からフランスによるインドシナ半島（インドシナ）の植民地化が始まった。アン・ドゥオン王の子であるノロドム王はフランスと交渉し、カンボジアはフランスの保護国になった。
1863年、フランス植民が開始される。
1887年にはカンボジアが仏領インドシナに編入された。1907年には、シャムからアンコール付近の領土を奪回した。
1940年には日本軍がインドシナに侵攻し、この機に乗じてノロドム・シハヌーク（シアヌーク）王は1945年3月12日にカンボジアの独立を宣言した。しかし、日本が連合国に降伏すると、1946年には再びフランスの保護下に戻り、独立は消滅してしまう。
シハヌークは粘り強く独立運動を続け、1947年には憲法を公布、1949年にフランス連合内での独立を獲得した。1953年には警察権・軍事権を回復し、完全独立を果した。
現代
カンボジア王国（1953年 - 1970年）
1955年、アジア・アフリカ会議（バンドン会議、バンドン、インドネシア）において、シハヌークは非同盟・中立外交政策を表明した。王位を父ノロドム・スラマリットに禅譲し、サンクム・リアハ・ニヨム（人民社会主義共同体、サンクム）を組織した。「独立の父」として国民の人気を集めたシハヌークは同年の選挙で首相兼外務大臣に就任した。
1956年、東南アジア条約機構への加盟を拒否した。
1960年に王であるスラマリットが亡くなると、シハヌークは王位を空けたまま国家元首という新しい位を作って就任した。1965年5月、シハヌークは北ベトナムへの爆撃を行なうアメリカ合衆国との断交を宣言した。ベトナム戦争により国内は不安定となったものの、シハヌーク政権時代にはまだ爆撃・内戦は激化しておらず、食糧は豊富で輸入に頼らず大量の国内避難民も発生していなった。
クメール共和国（1970年 - 1975年）
1970年3月17日、親米のロン・ノルがシハヌークの外遊中にクーデターを決行し、シハヌーク一派を追放、クメール共和国の樹立を宣言した（10月9日）。 ロン・ノルは政権を取ると、激しい反ベトナムキャンペーンを行い、南ベトナム解放民族戦線への支援が疑われるカンボジア在住のベトナム系住民を迫害・虐殺した。このためシハヌーク時代に50万人だったベトナム系住民のうち20万人が1970年にベトナムに大量帰還する事態となった。続いてロン・ノルは1970年4月、ホーチミン・ルートを粉砕するため、アメリカ軍と南ベトナム軍に自国を侵攻させた。さらに、1968年から局地的に行われてきたアメリカ軍によるカンボジア空爆を、人口高密度地域を含むカンボジア全域に拡大させた。これにより数十万人の農民が犠牲となり、大量の国内難民が発生し、農業生産は激減した。ロン・ノル政権は国民の不人気を買い、反政府活動は激化していった。
クーデター後、シハヌークは中国（北京）へ脱出し、カンプチア民族統一戦線を結成し、反ロン・ノル諸派の共闘を呼びかけた。彼を助け、共にカンボジア帰国を果たしたのは、毛沢東主義に心酔したポル・ポト、キュー・サムファン、イエン・サリらの指揮する共産主義勢力「クメール・ルージュ」だった。10月、ポル・ポトはシハヌークを擁立してロン・ノル政権との間で内戦となった（カンボジア内戦参照）。
1971年1月、アメリカはロン・ノル政権支援のために南ベトナム派遣軍の一部をカンボジアへ侵攻させた。10月、ロン・ノルは軍事独裁体制を宣言し、1972年3月に新憲法を公布した。しかし1973年3月29日アメリカがベトナムから完全撤退したため、ロン･ノルは強力な後ろ盾を失った。
民主カンプチア（1975年 - 1979年）
クメール・ルージュ政権終了から26年経った2005年度のカンボジア人口。25歳以上と24歳以下の人口が対照的である。1975年4月17日、弱体制となっていたロン・ノルはハワイに亡命した。ベトナムでは4月30日にサイゴンが陥落し、ベトナム戦争が終結した。この後、クメール・ルージュが首都プノンペンに入城し、1976年1月に「カンボジア民主国憲法」を公布、国名を民主カンプチア（Democratic Kampuchea）に改称した。
内戦による農業インフラの破壊、食糧輸入援助の停止といった混乱状態の中、クメール・ルージュは、貨幣制度廃止、都市住民の農村入植と強制労働といった極端な原始共産制社会への回帰政策を実行した。旧政権関係者、都市の富裕層や知識層、留学生、クメール・ルージュ内の親ベトナム派などは虐殺された。反乱の疑いのあるものは政治犯収容所S21（現トゥールスレン虐殺博物館）などに収容され虐殺された。1975年?1979年のポル・ポト時代の4年間は、中国の毛沢東主義を奉じた極端な農本主義政策が採られたものの、非効率的なやり方は大旱魃をもたらし、出生率が異常に低下する一方、飢餓と虐殺で100万人を超えるともいわれる大量の死者を出した。
1978年1月、ベトナム領内を攻撃し、ポル・ポトはベトナムと断交した。この頃、ベトナムはソビエト連邦との関係を強化しており、中ソ対立の構図から、中華人民共和国と関係の深いポル・ポト政権と対立することとなった。5月には中央のポル・ポトへの反乱の疑いを持たれた東部軍管区を攻撃し、東部地区の大量のクメール・ルージュ将兵が処刑された。このため、ベトナムには10数万人にのぼる東部地区軍民の避難民が流入した。
サムリン政権（1979年 - 1991年）
1978年12月25日、ベトナム軍は、亡命カンボジア難民からカンプチア民族救国統一戦線を組織し、元クメール・ルージュ将校でベトナムに亡命したヘン・サムリンを擁立し、ポル・ポト打倒を掲げカンボジアに侵攻した。
1979年1月6日、ベトナム軍がプノンペンを攻略、幽閉に近い状態にあったシハヌークは再び北京へ逃亡、ポル・ポト、イエン・サリら クメール・ルージュ はタイ国境近くまで駆逐される。1月10日親ベトナムのカンプチア人民共和国（People's Republic of Kampuchea）が樹立される。しかし、ヘン・サムリンのカンボジア人民党による政権は、ベトナムの傀儡政権であるとして世界各国の承認を得られなかった。
同年2月には中国軍がカンボジア侵攻の報復としてベトナムを攻撃した（中越戦争）。しかし、中国は実戦経験豊富なベトナム軍に惨敗し、3月には撤収した。1981年6月にサムリンは新憲法を採択し、同時期フン・センが閣僚評議会副議長（副首相）に就任する。
1982年2月、巻き返しを図る反ベトナム三派（ポル・ポト、シハヌーク、ソン・サン）は北京で会談を開き、7月には三派による「民主カンプチア連合政府」（The Coalition Government of Democratic Kampuchea：CGDK）が成立し、サムリン政権との内戦状態に入った。
1983年2月に開かれたインドシナ3国首脳会談でベトナム軍の部分的撤退が決議されたが、3月にベトナム軍はポル・ポト派の拠点を攻撃した。
1984年7月の東南アジア諸国連合外相会談では、駐留ベトナム軍への非難共同宣言を採択した。しかし、ベトナム軍は内戦に介入し続け、1985年1月に民主カンプチア連合政府の拠点を攻略、3月にシハヌーク国王派の拠点を制圧した。
1988年3月、ベトナム首相ファン・フンが急死し、政変が起こると、6月にベトナムは軍の撤収をはじめ、1989年9月に撤退を終えた。その結果、当時首相に昇格していたフン・センはベトナム軍の支えを失って弱体化し、内戦は更に泥沼化した。
1990年6月4日5日、東京でカンボジア各派が参加する和平に向けた直接対話の場として「カンボジアに関する東京会議」が開催された。続く1991年10月23日、カンボジア和平パリ協定が開催され、最終合意文章（"国際連合カンボジア暫定統治機構（UNTAC）"の設置、武装解除と内戦の終結、難民の帰還、制憲議会選挙の実施など）の19ヶ国による調印に達した。ここに、20年に及ぶカンボジア内戦が終結した。
現代「カンボジア王国」
カンボジア和平パリ協定でフン・セン政権と民主カンプチア連合政府を合わせた四派によるカンボジア最高国民評議会（SNC）が結成された。翌年1992年2月より、国連カンボジア暫定統治機構（UNTAC。事務総長は明石康）が平和維持活動を始めた。
1993年5月には国民議会総選挙が行なわれ、立憲君主制が採択された。選挙結果は、全120議席のうち、フンシンペック党 が58議席、カンボジア人民党が51議席、ソン・サンの仏教自由民主党が10議席、その他1議席であった。 これにより「二人首相制」となり、フンシンペック党党首でシハヌークの二男 ラナリットが第一首相、カンボジア人民党のフン･センが第二首相に選出された。
同年9月23日、制憲議会が新憲法を発布した。9月24日、シハヌークが国王に再即位、カンボジア王国が、およそ23年ぶりの統一政権として誕生した。自由で公正な選挙、選ばれた議会の憲法発布・政府設立を見届け、UNTACの暫定統治は1993年9月に終了した。
1997年7月、プノンペンにてフンシンペック党とカンボジア人民党の軍隊が衝突するという事件が起こった。第一首相であったラナリットはパリに逃亡し、約半年後の1998年3月にシハヌーク王の恩赦で帰国、9月には国民議会の議長に就任した。同年7月の総選挙で、今度はカンボジア人民党が第一党となり、フン・センが第一首相に就任している。
カンボジアは東南アジア諸国連合 (ASEAN) への加盟が延期されていたが、1999年4月に加盟を果たした。
なお、ポル・ポトは1998年4月に山中で死亡しており、12月にポル・ポト派幹部が国民へ謝罪した。2001年1月、ポル・ポト派幹部を裁く特別法廷が設置された。
2004年10月14日、シハヌークが退任、息子のノロドム・シハモニが国王に即位した。
2006年10月18日、フンシンペック党は、ラナリット党首を解任、駐ドイツ大使のケオ・プット・ラスメイを選出、第1副党首にはルー・ライスレン、第2副党首にはシソワット・スリウッド（シソワット王家の出身）が選出された。2006年11月16日、ラナリットは、ノロドム・ラナリット党（The Norodom Ranariddh Party）を設立した。
2007年3月13日にフィリピン・マニラに滞在中のラナリットに背任罪の実刑判決（禁固1年6カ月）が下っている。また4月の地方統一選挙を前にして、ラナリットが妻の告発で1月に姦通罪で訴追されていたことも発表された[1]。 カンボジアの法律により、禁固刑の判決を受けた者は刑期の3分の2を終えないと2008年度の総選挙に立候補できないため[2]、海外に滞在したままのラナリットの動きが注目されている。